Ubicado en un futuro cercano, Shadow Ops: Red Mercury es un juego de disparo en primera persona (FPS) basado en el mundo real, en el cual el jugador se pone las botas de combate del miembro de un equipo de elite de Delta Force. Cuando una doble agente de nacionalidad rusa descubre información sobre "Red Mercury" - una sustancia secreta que se puede usar como acelerante nuclear - el jugador es elegido por la Agencia de Seguridad Nacional (NSA) (National Security Agency) para encontrar el Red Mercury antes de que sea usado para construir dispositivos nucleares del tamaño de una mochila y vendido a organizaciones terroristas.