Second Sight comienza con el protagonista, John Vattic, despertando de un coma en las instalaciones médicas en las que, aparentemente, ha sido sujeto de experimentos quirúrgicos. No recuerda su pasado, ni siquiera su propio nombre. Sólo es consciente de que su única posibilidad de supervivencia depende de conseguir escapar y descubrir quién es y cómo ha llegado a esa situación. Pronto se verá acosado por retazos de su memoria, que vuelven a él en forma de flashbacks - que son episodios jugables - y descubrirá con incredulidad que tiene increíbles poderes psíquicos. El usuario deberá guiar a Vattic en su búsqueda de la verdad y, junto con su pasado, descubrir la trágica cadena de acontecimientos que le sumergió en esta siniestra conspiración.