La historia de The Sith Lords transcurre cinco años tras la conclusión de los hechos relatados en Caballeros de la Antigua República. La orden Jedi si ha disuelto tras el caos que siguió a las guerras Mandalorianas, el asunto de Darth Malak y la guerra civil Jedi. Por suerte, nosotros estábamos en el exilio unos años antes, debido a una decisión del Consejo Jedi, por lo que pudimos salir indemnes del genocidio en masa de la Orden Jedi. El juego comienza en las instalaciones médicas de Peragus, una explotación minera en un asteroide lejano. Estamos totalmente desorientados, desconocemos nuestra identidad, nuestra ubicación, como hemos llegado hasta allí, o la causa por la que estamos heridos. Como último Jedi tenemos ante nosotros la responsabilidad de seguir abanderando los ideales y creencias de la Orden.