Secuela de Xenosaga Episode 1 que estará protagonizada nuevamente por Shion Uzuki. Se ha confirmado su llegada a Europa y a nuestro país, al contrario que su primera parte. Para compensar la no distribución de la primera entrega, el juego saldrá en edición especial, que incluye un DVD que cuenta qué pasó hasta llegar a Xenosaga Episode II, y un empaquetado especial.