Sniper: Ghost Warrior está ambientado en la ficticia localización sudamericana de Isla Trueno, una isla donde un despótico régimen militar dirigido por el despiadado General Vasquez ha derrocado al gobierno democrático para tomar el control. Como parte de un grupo de comandos encubiertos, el jugador debe infiltrarse en la fortaleza rebelde y terminar con el golpe de estado, restaurando el gobierno legítimo. Los informes de inteligencia indican que Vasquez va a tener una reunión con sus aliados en una vieja refinería, oportunidad perfecta para llevar a cabo nuestra misión. Pero al llegar a la isla pronto descubriremos que la situación es distinta a la predicha, por lo el equipo tendrá que adaptarse y usar sus habilidades si quieren completar la misión.