Silent Hill: Homecoming cuenta la historia de Alex Shepherd, un soldado con turbulentas pesadillas (la mayoría relacionadas con su hermano Joshua) que recientemente ha dejado de cumplir su deber en el ejército. Una vez que regresa a su pueblo, se da cuenta que las cosas no están bien. Las personas desaparecen sin dejar rastro y extrañas criaturas caminan por las calles. Al llegar a su hogar y no encontrar ni a su padre, ni a su hermano, comienza a investiga cuál es la razón de estos sucesos y todo indica que el pueblo, y su familia, están conectados de alguna manera con Silent Hill.