El juego seguirá al veterano protagonista de Ninja Gaiden, Ryu Hayabusa, y a un nuevo personaje, Yakumo, quien es miembro de los rivales del Clan Hayabusa, el Clan Cuervo. El dúo luchará contra las fuerzas del Dragón Oscuro, que ha sumido a Tokio en una tormenta permanente conocida como la Lluvia de la Podredumbre.