Fatal Fury: City of the Wolves continúa con la historia de Garou: Mark of the Wolves (1999). Tras su enfrentamiento contra Terry Bogard, Geese Howard ha fallecido, dejando libre el trono de señor del crimen en South Town. Ahora todos los luchadores de la "ciudad de los lobos" ansían ocupar ese vacío de poder, sobre todo Rock Howard, hijo del villano.