La historia se sitúa 5 años después del primer Modern Warfare. Imran Zakhaev, antagonista de la primera parte, ha pasado a ser un héroe para la nueva Rusia. La guerra sigue activa y Vladimir Makarov consigue derribar la defensa de los Estados Unidos e invadirla a favor de Rusia. Joseph Allen, soldados de los Rangers Americanos, será vital para acabar con esta guerra.