En esta ocasión se nos transportará al año 1964, en plena Guerra Fría. Obviamente, el protagonista de esta nueva entrega no es Solid Snake. Esta vez controlaremos a Naked Snake, el hombre que más tarde conseguiría el rango Big Boss y se convertiría en el mejor soldado del siglo XXI. Además del sigilo y la infiltración se han añadido nuevos factores al juego, como la cura y la supervivencia. Y es que en Metal Gear Solid 3: Snake Eater debemos cazar o ser cazados, y para sobrevivir en la jungla deberemos comer toda clase de animales y curarnos las heridas que suframos en el campo de batalla.