Ambientado en 1964, en plena Guerra Fría, el juego actúa como precuela de toda la saga Metal Gear. En esta ocasión no controlamos a Solid Snake, sino a Naked Snake, el soldado que con el tiempo se convertiría en el legendario Big Boss. Infiltrado en la Unión Soviética, deberá adentrarse en una vasta jungla para rescatar a un científico y enfrentarse a su antigua mentora, The Boss, al mando de la temible unidad Cobra. Junto al sigilo clásico de la saga, el juego introduce mecánicas de supervivencia: camuflaje, caza de animales para alimentarse y curación de heridas en tiempo real.