Dos años después de los sucesos de Metal Gear Solid, el mundo vuelve a estar al borde del desastre cuando una planta de limpieza de petróleo frente a las costas de Manhattan es tomada por un grupo terrorista que se hace llamar “Sons of Liberty”, que amenaza con detonar un nuevo y avanzado prototipo de Metal Gear. En la piel de Solid Snake —y más adelante de un misterioso recluta llamado Raiden— deberás infiltrarte sigilosamente en territorio enemigo, evitando la detección y utilizando una amplia gama de armas y herramientas tácticas, mientras se desvela una trama cargada de giros sobre control de la información, identidad y los límites entre lo real y lo virtual.